dimanche 29 mars 2020

COVID- 19. Les récentes recherches du Pr. Didier RAOULT face à ses détracteurs.





Réponse au biologiste Hervé  SEITZ, interrogé sur LCI récemment, (et à ses autres détracteurs) :



Il n'y a aucune fraude dans les travaux du Professeur Raoult. Strictement aucune (je souligne). Il n’y a par ailleurs aucun mensonge dans les travaux de Professeur Raoult. 

Quelqu’un qui “fraude”, qui “truque”, ou qui “triche”, ou qui “ment”, etc., cherche toujours, s’il est habile, à masquer le fait de “frauder”, “truquer”, “tricher”, ou “mentir”. C’est ce que font les charlatans : l’aspect mensonger, tricheur, truqueur, etc., de ce qu’ils tentent de vendre ne doit absolument pas apparaître comme évident au “client”, sinon...

Or, il sera évident pour n’importe qui se donnera la peine de lire en détail et en entier les travaux du Professeur Didier RAOULT - dont nous fournissons les liens d’accès dans ce papier - , qu’à strictement aucun moment, (nous soulignons), rien ne peut être prétendument dissimulé dans l’un quelconque des aspects ou des caractéristiques de ses deux récents protocoles de recherche clinique. 

Le fait que le virus puisse disparaître de lui-même, après des semaines, ne peut logiquement constituer un argument valide comparé à une recherche démontrant une baisse significative de la charge virale sur des patients, en seulement quelque jours.

Pour que cela soit comparable, il faudrait que le virus ou la charge virale disparaisse sans aucune différence significative de durée avec les quelques jours constatés par les travaux du Professeur Raoult.

Il suffit de lire les protocoles dans le détail. Je propose justement une défense des travaux du Professeur Raoult, dans ce qui va suivre (ce n'est pas trop long à lire, et je cite, en première main, dans mon article, les arguments du Professeur Raoult). 
 
Le Professeur Raoult n'a pas "ôté des cas qui ne l'arrangeaient pas", il a été obligé de retirer des patients de son protocole parce qu'il a considéré qu'il n'était pas éthique de les garder étant donné que leur état s'aggravait. Il n'a "torturé" aucune donnée. Il a extrapolé certaines données. Mais extrapoler ne consiste ni dans le fait d'ajouter des données, ni dans celui de les "torturer", mais consiste à  tirer des interprétations à  partir de ce que des données déjà  disponibles présentent de partiel. 

Extrapoler à partir de données partielles, ne consiste donc certainement pas à "inventer des données" de toutes pièces.  

Ce n'est qu'une forme d'interprétation jugée plausible de certaines données disponibles, lesquelles sont jugées (statistiquement) suffisamment fiables pour permettre des interprétations prometteuses quant à de futures expérimentations mieux étayées sur des preuves.

Expliquer en détail pourquoi, (comme le fait très clairement le Professeur Raoult), on retire des patients d'un protocole, pour des raisons éthiques en raison de leur état de santé, ne consiste pas davantage à "s'arranger" (...) pour que les résultats d'une recherche soient plus favorables. Il n'y a aucune espèce de soi-disant malhonnêteté intellectuelle à soupçonner dans une telle procédure.

Affirmer que l'idée de la combinaison d'hydroxycholoroquine avec de l'azythromycine n'est que la lubie du Professeur Raoult est tout bonnement faux. Le Professeur Raoult s'est fondé sur des recherches expérimentales réalisées in vitro pour avoir estimé pouvoir parier sur son hypothèse de recherche clinique.  

Enfin, étant donné les insultes et les propos ouvertement diffamatoires tenus par Hervé SEITZ à l’encontre du Professeur Didier RAOULT, nous supposerons qu’il va sans dire que si Hervé SEITZ était malheureusement déclaré positif au COVID-19 dans un avenir proche, il refuserait catégoriquement toute application sur lui-même des recommandations thérapeutiques proposées par le Professeur Didier RAOULT, préférant sans doute attendre que la maladie “guérisse d’elle-même au bout de quelques semaines” ? (...). 

Et n'oublions pas cet argument : comment se fait-il alors que dans les autres pays où le traitement du Professeur Raoult est pratiqué l'on observe des guérisons, (et même en France), alors que dans notre pays, il soulève une vague de scepticisme généralisé de la part de la Haute Autorité de la Santé ? A la longue (...), cette institution va se retrouver en charge de démontrer pourquoi la constitution physiologique de la majorité des français non encore traités par les recommandations thérapeutiques du Professeur Raoult serait si différente de celle des français qui ont bénéficié du traitement avec une guérison à la clé, et de celles des autres pays où il est également appliqué avec succès ! Dans cette démonstration, nous prédisons néanmoins certaines difficultés....

Cependant, il existe sans doute une manière de réfuter notre argument précédent, c'est la possibilité que le SARS Cov-2 mute

Dans cette mesure, serait-il possible (...) que la situation soit différente d'un pays à l'autre (?..). Il serait également possible que le virus s'adapte particulièrement bien aux caractéristiques de chaque hôte humain. Car évidemment, même si nous "avons tous des poumons" (etc.), l'on ne peut éluder le fait qu'il existe forcément des différences physiologiques d'un individu à l'autre, selon qu'un individu soit plus "sensible" ou "réceptif" à certaines infections pulmonaires qu'un autre, etc. Mais alors, pourquoi le traitement préconisé par le Professeur Didier Raoult a-t-il guéri jusqu'à présent tellement de personnes, et cela, pas seulement en France, mais aussi dans d'autre pays ? (Nous ignorons pour le moment ce que pense le Professeur Didier Raoult des éventuelles possibilités de mutation du SARS Cov-2).

Sur la question des possibilités de mutation du SARS Cov-2, les avis scientifiques semblent se contredire, du moins par rapport aux affirmations contenues dans les références que nous proposons dans cet article. La première provient de la revue “Science et Avenir”, mais voici maintenant ce qu’affirment d’autres scientifiques comme Louis Duplessis et Meriadeg Le Gouil, cités dans la revue “Science & Vie” :  

« Parmi la centaine de mutations que nous avons repéré à ce jour dans son génome, il n’y a aucun indice de modification lui apportant un avantage adaptatif, affirme Louis Duplessis, généticien à l’université d’Oxford. De manière générale, la plupart des mutations au cours d’une épidémie ont très peu d’impact sur la contagiosité ou sur la virulence, ces évènements adaptatifs sont extrêmement rares. Surtout, en l’absence de vaccin, de traitement et d’immunité naturelle de la population, ce coronavirus est soumis à très peu de pression de sélection ».

Le virus du Covid-19 est plus volontiers sujet à des accidents de parcours qui diminuent ses fonctions et sa virulence, à l’image de la perte de 382 nucléotides sur l'ARN d’une souche de virus repérée dernièrement chez 8 patients hospitalisés à Singapour – un évènement similaire avait eu lieu lors des débuts du SRAS en 2003. Meriadeg Le Gouil, spécialiste des coronavirus à l’université de Caen, insiste : « ce virus est déjà bien adapté à la circulation chez l’Homme, sa transmissibilité est tout à fait suffisante et il est peu probable d’observer des changements génétiques qui influencent fortement la sévérité de la maladie ».

*


En annexe, c'est tout de même très étonnant que cette montée du scepticisme contre les recherches du Professeur Raoult, (pour des motifs qualifiés de scientifiques), ainsi que sa promotion acharnée dans certains médias français ; alors que par comparaison ces mêmes médias relayent avec le même acharnement et depuis assez longtemps quand même (...), le rejet, sinon la diabolisation  de toute attitude sceptique vis-à-vis du fameux "consensus scientifique" prôné par le GIEC, (voire même la psychiatrisation et la criminalisation des climatosceptiques). (Consensus non seulement autour de la thèse d'un réchauffement "global", mais encore de ses causes)

Tout cela sans oublier encore le fait que les phénomènes climatiques se prêtent quand même moins facilement (sinon pas du tout) à des prédictions globales et testables à long terme par rapport aux  phénomènes d'ordre biologique (ou physiologique). Ou, en d'autres termes, (et comme l'écrivait Karl Popper dans "L'univers irrésolu. Plaidoyer pour l'indéterminisme"), que les phénomènes relatifs à la biologie ou la physiologie humaine sont quand même plus proches des "horloges que des nuages" (...). Ce qui signifie : beaucoup plus aisément testables.
 


*

1. Il est indiscutable que la première recherche du Pr. Raoult ne comporte aucune randomisation

Mais le titre même de cette première tentative réalisée dans l’urgence l’annonçait : 
“Hydroxychloroquine and azithromycin as a treatment of COVID-19: results of an open-label non-randomized clinical trial”.

Cependant, dès ce premier protocole, le Professeur Raoult, loin de travailler de manière isolée ou en prétendu “héro” (...), se fonde sur des recherches existantes, bref, sur un “savoir acquis” (Karl Popper) et qui lui préexiste pour fonder une croyance en la viabilité de tenter d’autres recherches cliniques inspirées des précédentes. Il n’y a dans cette démarche, aucune faute méthodologique. Nous citons donc le Pr. Raoult dans son premier travail :  

“A recent paper reported an inhibitor effect of remdesivir (a new antiviral drug) and chloroquine (an old antimalarial drug) on the growth of SARS-CoV-2 in vitro, [8] and an early clinical trial conducted in COVID-19 Chinese patients, showed that chloroquine had a significant effect, both in terms of clinical outcome and viral clearance, when comparing to controls groups [9,10]. Chinese experts recommend that patients diagnosed as mild, moderate and severe cases of COVID-19 pneumonia and without contraindications to chloroquine, be treated with 500 mg chloroquine twice a day for ten days [11].”

Qui plus est, son travail de recherche clinique est également étayé par les résultats de la recherche expérimentale, in vitro. Ce qui veut dire par exemple que son idée de tester de l’hydroxychloroquine sur le COVID-19 en association avec de l’azythromicyne n’est pas sa “fantaisie” de chercheur qui ferait fi du travail des autres. Et de toute façon cette hypothèse n’a pas pu lui venir à l’esprit, “ex nihilo” (à partir de rien), puisqu’il est impossible pour qui ce que soit d’imaginer, d’observer, ou de créer quoi que ce soit, “ex nihilo”. Nous le citons :  

“Hydroxychloroquine (an analogue of chloroquine) has been demonstrated to have an anti-SARS-CoV activity in vitro [12].” 

(...) 

“Very recently, a Chinese team published results of a study demonstrating that chloroquine and hydroxychloroquine inhibit SARS-CoV-2 in vitro with hydroxychloroquine (EC50=0.72%µM) found to be more potent than chloroquine (EC50=5.47%µM) [14]. These in vitro results corroborate our clinical results. The target values indicated in this paper [14] were reached in our experiments. The safer dose-dependent toxicity profile of hydroxychloroquine in humans, compared to that of chloroquine [13] allows using clinical doses of hydroxychloroquine that will be over its EC50 observed in vitro [14].”

Des patients ont servi comme groupe de contrôle : 

“Patients in other centers did not receive hydroxychloroquine and served as controls.” (...) “A total of 26 patients received hydroxychloroquine and 16 were control patients.” 

En outre, le Professeur Didier Raoult, n’a pas décidé de commencer ses recherches sans l’aval du Ministère de la Santé :  

“We therefore started to conduct a clinical trial aiming at assessing the effect of hydroxychloroquine on SARS-CoV-2-infected patients after approval by the French Ministry of Health.”

On reproche ensuite au Professeur Raoult d’avoir exclu des patients en cours de protocole, pour “faciliter” l’accès aux résultats escomptés par ses recherches, bref, de manière malhonnête ou par tricherie (!). La réalité est toute autre : il a exclu des patients du protocole, principalement parce que certains d’entre eux voyaient leur état s’aggraver et ne pouvaient donc plus prendre le risque de poursuivre, etc. Mais nous citerons quand même : 

“Six hydroxychloroquine-treated patients were lost in follow-up during the survey because of early cessation of treatment. Reasons are as follows: three patients were transferred to intensive care unit, including one transferred on day2 post-inclusion who was PCR-positive on day1, one transferred on day3 post-inclusion who was PCR-positive on days1-2 and one transferred on day4 post-inclusion who was PCR-positive on day1 and day3; one patient died on day3 post inclusion and was PCR-negative on day2; one patient decided to leave the hospital on day3 post-inclusion and was PCR-negative on days1-2; finally, one patient stopped the treatment on day3 post-inclusion because of nausea and was PCR-positive on days1-2-3.”

Sur le problème de la taille (trop faible) de son premier échantillon de 36 patients dans le premier protocole, on peut lire ceci. Je cite un passage (ce n’est pas le Professeur Raoult qui s’exprime ici) :  

“Supposons donc qu’un essai clinique ait lieu ; des effets observés dans un échantillon de patients que pouvons-nous conclure sur l’effet du traitement dans la population ? C’est là qu’intervient la notion de déduction statistique, et plus précisément, celle de test d’hypothèse. (...) Les hypothèses de recherche : l’ampleur de l’effet thérapeutique visé dans l’hypothèse alternative, la puissance de l’effet si l’on peut dire, est cruciale. La taille de l’échantillon diminue au fur et à mesure que l’effet escompté augmente. Dans ce sens, l’effet du nouveau traitement doit être suffisamment important pour présenter un intérêt thérapeutique permettant de convaincre le corps médical qu’il doit être adopté en dépit des coûts supplémentaires, des effets secondaires, etc. (...)”.

Mais le Professeur Raoult s’est montré tout à fait conscient du problème de la petitesse de son échantillon lors de ce premier protocole. Il déclare :  

“Despite its small sample size our survey shows that hydroxychloroquine treatment is significantly associated with viral load reduction/disappearance in COVID-19 patients and its effect is reinforced by azithromycin.”

“Assuming a 50% efficacy of hydroxychloroquine in reducing the viral load at day 7, a 85% power, a type I error rate of 5% and 10% loss to follow-up, we calculated that a total of 48 COVID-19 patients (ie, 24 cases in the hydroxychloroquine group and 24 in the control group) would be required for the analysis (Fleiss with CC). Statistical differences were evaluated by Pearson's chi-square or Fisher's exact tests as categorical variables, as appropriate.”

On lui reproche d’avoir extrapolé des données, et certains pensent qu’extrapoler sur les faits consiste à inventer les faits. Or, extrapoler consiste à tirer des conclusions, ou généraliser à partir de données partielles et non à ajouter des données. 

2. La seconde recherche n'est qu'une étude observationnelle prospective.

D'ailleurs, c'en est même son titre : "Clinical and microbiological effect of a combination of hydroxychloroquine and azithromycin in 80 COVID-19 patients with at least a six-day follow up: an observational study".

De plus, ce type d'étude ne représente que le plus bas niveau de preuve dans toute étude en pharmacologie clinique. Voir ici.

Dans ce second protocole, il y a un niveau de randomisation. Mais il ne concerne que la culture du virus et non des groupes de patients, bien que le seul groupe initial de 80 patients soit divisé en deux catégories : 

Clinical classification and clinical follow-up Upon admission, patients were grouped into two categories: i) those with an upper respiratory tract infection (URTI) presenting with rhinitis and/or pharyngitis, and/or isolated low-grade fever and myalgia, and ii) those with lower respiratory tract infections (LRTI) presenting with symptoms of pneumonia or bronchitis.” 

(...) 

“Culture 

Cultures were attempted in a random selection of patients. A 500 μL aliquot of the liquid collected from the nasopharyngeal swab were passed through 0.22-μm pore sized centrifugal filter (Merck millipore, Darmstadt, Germany), and were then inoculated in wells on 96-well culture microplates, of which four wells contained Vero E6 cells (ATCC CRL-1586) in Minimum Essential Medium culture medium with 4% foetal calf serum and 1% glutamine.”

Il n’y aucun effet placebo utilisé. Quoique le Professeur Didier Raoult, expert en la matière s’il en est, pourrait le justifier avec des arguments qui échappent jusqu’ici aux compétences de tout commentateurs non expert et non investi au plus haut niveau dans ce type de recherche et depuis des années...

3. Cependant, il reste les résultats pratiques : il y a des guérisons constatées, je le souligne, en dehors de tout protocole de recherche clinique (dans les hôpitaux).... Et elles sont quand même relativement nombreuses. Peut-être que des recherches ultérieures sauront mieux les expliquer, mais en tout cas, elles existent à partir des indications thérapeutiques proposées par le Pr. Raoult..

Le Pr. Raoult a travaillé dans l'extrême urgence, donc avec une très bonne confiance dans son travail, parce qu'il savait qu'il existait un savoir acquis conséquent sur la chloroquine puis sur l'hydroxychloroquine en relation avec des formes de coronavirus existantes.

Il a "tenté le coup", pris des risques. Comme le dirait sans doute Karl Popper, ses recherches nécessitent maintenant un niveau de randomisation le plus élevé, recommandé en recherche pharmacologique : double aveugle, placebo..

Cependant, et je le répète, étant donné les guérisons, les deux protocoles, bien qu'encore imparfaits (surtout le premier), sont ... très prometteurs parce qu'il y a des guérisons à partir des indications fournies par le Pr. Didier Raoult et en dehors de tout protocole de recherche clinique, par exemple, dans les hôpitaux


*

Niveaux de preuve en recherche clinique pharmacologique, schéma (tiré du document lié dans cet article à consulter) :



4. Voici maintenant une étude randomisée avec groupe de contrôle réalisée par les chinois le 22 mars 2020.

Nous citons dans le résumé de l’étude présentée : 

“But for TTCR, the body temperature recovery time and the cough remission time were significantly shortened in the HCQ treatment group. Besides, a larger proportion of patients with improved pneumonia in the HCQ treatment group (80.6%, 25 of 32) compared with the control group (54.8%, 17 of 32). Notably, all 4 patients progressed to severe illness that occurred in the control group. However, there were 2 patients with mild adverse reactions in the HCQ treatment group. Significance: Among patients with COVID-19, the use of HCQ could significantly shorten TTCR and promote the absorption of pneumonia.” 

Cette étude chinoise constitue une corroboration des travaux du Professeur Raoult puisque le niveau de randomisation des échantillons de patients avec groupe de contrôle constitue indiscutablement un niveau plus sévère de testabilité. Par conséquent, et contrairement à ce qu'affirmaient les détracteurs du Professeur Didier Raoult, (notamment sur Facebook...), ses travaux étaient bien prometteurs.

L’on note par ailleurs que 4 patients du groupe de contrôle bien qu’ayant vu leur état s’aggraver non pas été exclus du protocole, chose que l’on avait reprochée fallacieusement au Professeur Raoult, en l’accusant d’avoir “trafiqué les données du protocole” au lieu d’admettre les raisons éthiques qui le poussèrent à exclure des gens dont l’état s’aggravaient lors de sa recherche. Les chinois qui ont voulu semble-t-il, respecter coûte que coûte (...) les conditions les plus sévères possibles d’administration d’un haut niveau de preuve (randomisation + groupe de contrôle) requis dans les recherches en phamacologie clinique, n’ont pas exclu les patients dont l’état s’aggravaient... Cependant, cette décision permet encore de conforter leurs résultats en donnant une information qui suggère la fiabilité de leurs données. 


5. Quelques questions (qui ont sans doute déjà été posées, je ne sais pas) :

Le contexte :

Le COVID-19, est une forme nouvelle parmi la classe des coronavirus. Et ce point est très important, comme on va le comprendre dans ce qui va suivre…

5.1. Donc, le Pr. Didier Raoult a mené dans l'urgence des protocoles visant à démontrer des liens de cause effet positifs entre le COVID-19 et deux molécules : l'hydroxychloriquine et l'azythromicyne. Le dernier protocole se révèle concluant. On le critique, mais il se fonde sur des recherches déjà bien corroborées, et ne fut donc pas sorti comme ça, "d'un coup", ex nihilo, ... par le Pr. Raoult. Voilà un premier bilan.

5.2. J’en viens donc maintenant à ceci : le gouvernement reproche et affirme même qu'il n'y a aucune preuve de l'efficacité des recommandations thérapeutiques proposées par le Pr. Raoult....

5.3…..Mais qu'en est-il des preuves d'efficacité de la combinaison entre l'hydroxychloriquine et les molécules du Lopinavir et Retonavir sur le COVID-19 ? Où sont les travaux publiés ? Depuis quand existent-ils ? Quels sont les résultats comparés aux travaux du Pr. Raoult ?...

5.4. Quel protocole de recherche scientifique ET clinique a donc été publié par les adversaires des protocoles du Pr. Didier Raoult, et quand, je le souligne encore ?.... Peut-on y avoir accès, par, comme le dit le gouvernement, "transparence". (Et surtout : quels sont les résultats significativement et intersubectivement contrôlés par rapport aux résultats fournis par le Pr. Didier Raoult ?...).

(Patrice Van den Reysen. Tous droits réservés).




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